燃油三轮车自动离合与手动离合的区别不在发动机。燃油三轮车自动离合和手动离合的区别不在发动机上，而是在离合器的设计上。手动离合器需要通过踩下离合踏板来使离合器脱离发动机，中断发动机与车轮的传动，从而实现换档、停车等操作。而自动离合器则是通过车辆电控系统来控制离合器的脱离和接合，实现自动换挡和自动停车等功能。