牛奶煮苹果后牛奶凝结原因是苹果中的酶类物质能分解出蛋白质。牛奶煮苹果后牛奶凝结的原因是苹果中含有一种酶类物质，称为木质素酶，能够分解牛奶中的蛋白质，使其凝结成块状物质，当苹果被煮熟时，这种酶类物质被激活，开始分解牛奶中的蛋白质，导致牛奶凝结成块状物质。