深圳灵活就业社保缴费基数可以修改。深圳灵活就业社保缴费基数是按照就业人员实际月收入的百分比来确定的，根据就业人员实际月收入的不同，社会保险基数也可以有所改变。如果就业人员实际月收入发生变化，可以按照实际情况申请修改社会保险缴费基数。