1403年，都御史陈瑛上疏朱棣，诬告耿炳文僭用龙凤图饰。收到奏疏后，朱棣大为震怒，下旨逮捕赋闲在家的耿炳文。在说到耿炳文时，朱棣难掩愤怒：“耿炳文不思圣恩，以红革呈做玉带，服饰、器皿采用龙凤装饰，大逆不道，其心可诛。”不久后，耿炳文畏罪自杀，他的妻妾、子孙也遭到屠戮，耿氏一门家败人亡。然而，在道光年间，云南出土了一块明初墓碑，墓碑的主人恰是耿炳文的幼子耿琦。根据墓志铭所记，耿炳文却早在真定之战时就已阵亡。