查干湖镇地处松嫩平原，地势平坦。地形以平原为主。气候查干湖镇气候属温带性季风气候，四季分明。春季干旱多风。夏季温热多雨。秋季凉爽，昼夜温差大。冬季漫长，酷寒少雪，冰冻期长。