1、课程冲突：不同大学的读博士课程需要学生全身心地参与研究和学术活动，同时在两个地方读博士课程会导致时间冲突和学习进度的不一致，影响学业成绩和学习效果。2、学位认可性：马来西亚和菲律宾的高等教育体系有不同的认证和认可标准，双重学位学习需要满足两个国家的标准和要求，并进行相应的学分转移和认证，会增加学习的复杂性和困难度。