1、一般按照迟到的分钟数来计算。2、迟到时间较长时，则可以按照单位依法制定的其他办法来扣工资。3、如果因劳动者的原因给单位造成经济损失的，单位扣除的标准是每月不得超过其工资的百分之二十。