河南航空撤销的主要原因是因为河南并未持有河南航空股份。根据《企业名称登记管理实施办法》的规定，“已经登记注册的企业名称，在使用中对公众造成欺骗或者误解的，或者损害他人合法权益的，应当认定为不适宜的企业名称予以纠正”。由于河南航空的名称在使用中可能对公众造成误解，给本来未在该公司投资的河南造成极大的负面影响，因此河南省工商管理局决定撤销河南航空的注册。