河北省交通运输厅。中国的城市轨道交通线路属于城市轨道交通行业，由各省市交通运输主管部门统一管理。而秦皇岛市南站21号线作为秦皇岛市的城市轨道交通线路，自然也归属于河北省交通运输厅的管辖范围之内。