配套使用器械分开灭菌原因是为了防止交叉感染。在医疗和卫生领域，许多器械需要经过高温高压的灭菌处理，以去除其中的微生物和病原体。而配套使用的器械可能会接触到不同的部位、病人或者场所，因此需要对它们进行分开灭菌，以避免不同病人之间的交叉感染和细菌传播。