球等鞭金藻是硅藻门的。根据查询相关公开信息，球等鞭金藻是硅藻门其中的一个种类，属于金藻门（chrysophyta），球等鞭金藻是单细胞生活的个体，细胞裸露，形状多变，但大多数呈椭圆形，幼细胞有一略扁平的背腹面，故侧面观为长椭圆形或长方形，细胞前端生出两条等长的尾鞭型鞭毛，鞭毛平滑无附着物和膨胀体，其长度为细胞的1-2倍。