阿里健康大药房可以合并付款的。根据查询相关资料信息，在阿里健康大药房购买药品时，结算订单的过程中，可以在支付界面选择合并付款，并使用两个均有余额的账户进行合并支付。阿里健康大药房是阿里巴巴集团旗下阿里健康信息技术有限公司所属的自营大药房，已整合阿里健康海外旗舰店、阿里健康医药旗舰店、阿里健康药品旗舰店及阿里健康自营品牌旗舰店等近百家天猫店铺。