监理停工令算在总工期。施工合同的总工期，都是开工后的自然日累计时间，这在施工合同的规范版本中是有规定的，如果因意外事件造成停工，而该事件又属合同约定或法律规定的不可抗事件可申请工期顺延，停工时间可不影响履约，但总工期的计算方式不变。所以，监理停工令算在总工期。