机构扣除了40%费用并拉黑学员账号的行为是不道德和不合法的。这种行为严重违反了消费者权益保和商业道德准则，侵犯了学员的合法权益和隐私权，应该受到法律和道德的谴责和制裁。对于这种情况，学员应该及时向相关部门投诉和维权，要求机构退还扣除的费用并解除拉黑。同时，学员也应该加强自我保护意识，选择有信誉和口碑的机构进行培训和学习，并在合同签署前仔细阅读相关条款，了解自己的权利和义务，避免出现不必要的纠纷和损失。