生态棉田的原理是通过改变棉田内的微环境，让真菌、病虫害和鼠害无法活动，有效地抑制了有害生物的繁殖和传播，从而保护棉田的植物体健康。常用的生态棉田技术有水分稳定成分管理技术、土壤肥力管理技术、生物多样性保护技术以及营养养分管理技术等。