区别主要在显微镜下的表现。叶石蜡切片染色可以增强细胞或组织的某些成分的对比度，使其更加清晰地显示出来，方便进行观察和识别。而不染色的叶石蜡切片则相对较难区分细胞或组织的不同部分，观察效果不如染色的切片明显。