不能。商铺合同保证金是作为合同执行期间租客履行合同义务的保证，比如说必须支付租金、按时返还物业等。在合同期届满且义务履行完毕后，商铺保证金将予以退还。而租金是根据合同约定，由租户每月支付给出租方的费用。这两者性质不同，因此不能混为一谈或互相替代。