当企业在材料验收入库过程中发现短缺时，会计处理涉及多个步骤。首先，确认短缺情况时，应做的会计分录是借记"待处理财产损益--流动财产损益"，贷记"原材料"，以记录这部分损失。如果经调查发现是个人过失导致的短缺，相应的会计调整为借记"其他应收款"，继续贷记"待处理财产损益--流动财产损益"，以反映责任归属。当收到个人赔偿时，会计分录为借记"现金"，贷记"其他应收款"，以反映资金的回流。