1、针对人群不同。新农合的全称是：新型农村合作医疗，农民每人每年出一些钱，国家再补贴一些钱，共同建立的基本医保制度。必须是农村户口才能参加新农合。针对的人群是没有在城镇务工的农民。医保的全称是：城镇职工基本医疗保险，不限户籍，由个人缴费部分和统筹缴费部分构成。主要针对的人群是在职职工和灵活就业人员。2、缴费方式不同；新农合一年一交，由个人缴费。医保通常一月一缴费，有单位由单位承担统筹部分。灵活就业个人要承担部分统筹缴费。3、待遇不同；农合主要针对农民，缴费少，报销额度也低，比例在50%左右。医保主要针对职工和灵活就业人员，缴费高，待遇也高，报销比例在90%左右。4、退休年龄不同，城镇职工医保在到达退休年龄，满足当地医保退休年限要求后，可以医保退休，终身免费享受医保待遇。