税务总分机构备案的主要原因包括以下几点。一、确保税务管理的有效性。总分机构在税务上的管理涉及诸多环节，如税务登记、申报、缴纳等。进行备案能够确保这些环节得到有效的管理和监控，确保税务的顺利实施。同时，通过备案制度，税务部门能够全面掌握企业的税务情况，从而进行针对性的管理和指导。二、避免税收风险；对于跨区域经营的总分机构，税收的差异可能会带来一定的风险。进行税务备案，有利于企业提前了解和适应各地的税收，避免因不了解而导致的税收风险。同时，通过备案制度，企业能够及时获取税务部门的反馈和建议，从而及时调整策略，避免更大的风险。三、促进税收公平与公正。