1、地理位置不同：毗卢殿位于湖北黄梅县五祖镇东山寺，大雄宝殿则有多处地理位置，如中国福建省福州市鼓楼区、北京市门头沟区潭柘寺镇潭柘寺、郑州市登封市西北15公里处的嵩山少室山下嵩山少林风景区少林寺内等。2、供奉的主尊佛像不同：大雄宝殿通常供奉的是释迦牟尼佛。毗卢宝殿里供奉的是毗卢遮那佛。