运输合同未开需扣除税费。根据中国的税收法规，运输合同未开是否需要扣除税费取决于运输服务是否应纳税。一般来说，运输服务属于应纳的范畴，则按照规定开具专用，并在中标明税率和税额。了解最新的税收法规，查阅相关的官方网站或者咨询专业的法律顾问。