有。碱性染料着色较浅的区域和紧密压缩的异染色质相比，常染色质压缩得较松散，其上包含了许多非常活跃的基因，碱性染料跟基因活跃有关系。异染色质高度压缩，局部成簇剖面图显示:也会染色后在核酸中会显示。