1、机关可以通过提交书面答辩状的方式对原告的起诉进行回应，阐明自己的观点和主张，并提出相关证据材料，以证明自己无罪。2、机关可以在庭审中通过口头陈述的方式对原告的指控进行反驳，提出相关证据和理由，进行辩护，力图证明自身无罪。