内生菌根的菌丝体侵入细胞内部，经受一个胞内发育阶段，尔后被寄主细胞消化，这种菌丝被消化和其新菌丝的侵入之间处于一个平衡状态，而且在寄主细胞间不形成致密的哈替氏网状结构。菌根是指土壤中某些真菌与植物根的共生体。菌根的作用主要是扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。