纸层析的原理是基于氨基酸在纸层析液和纸张之间的分配差异。在纸层析过程中，氨基酸会与纸层析液中的溶剂和纸张中的纤维进行相互作用，并在二者之间分配。由于不同氨基酸的化学性质和分子结构的差异，其与纸层析液和纸张之间的分配程度也不同。