分别是东出站口、西出站口、南出站口和北出站口。南京站旅客进出站采用“高进低出”的流线，进站可以乘车通过高架环形车道直达二层平台进入候车大厅，地下出站大厅与地铁南京站及停车场相连，旅客可以选择地铁、出租车、社会车及公交车换乘。