根据相关资料查询，补充医疗保险年度额度不低于50万意思是：从您医保个人账户扣取不低于50万元，是用于每年年初支付大病补充保险的个人支出部分(大病补充保险每年交一次，所有参保人员都要参保，是为保障城镇职工重大疾病医疗需求而建立的专项医疗保险基金)。大病保险基金用于支付参加城镇职工基本医疗保险的参保人员，年度内累计发生的超过基本医疗保险最高支付限额以上的医疗费用。