扣除工资。在京东上班旷工半天是会扣工资的，而且当月的绩效奖金也会减少的。根据《劳动合同法》想关规定：按旷工日数计算工资，日工资数和天数相乘。如无故旷工，对公司造成损失的话，公司有权要求赔偿。如旷工天数符合公司规定解除劳动合同的要求，则可以解除劳动合同。