保底20000期间生病多休了3天扣了2000不合理。员工因病请假是合理和必要的，多休了3天扣了2000不合理，公司扣除员工工资作为处罚，违反了劳动法的相关规定，会对员工的工作积极性和工作满意度造成不良影响。