1、程序不同：启停控制程序是指一种应用程序，而起保停控制程序是指一种在工业自动化或机器人控制系统中使用的程序。2、应用不同：启停控制程序用于控制计算机或其他设备的启动和停止，而起保停控制程序用于控制机器或设备的启动、保护和停止。