1、来源：种皮是由胚珠的珠被经不同程度的变化而形成，而果皮由子房壁的组织分化、发育而成。2、位置：种皮是有种子的果实里面种子的外面结构，覆于种子周围的皮，比如苹果核内种子的外面为种皮；而果皮是果实外面的结构，指果实外壳或者外皮，日常生活中说的果皮指的是外果皮，比如苹果最外面的为果皮。