1、参保对象不同：灵活就业人员参保对象为未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员及别的灵活就业人员，而职工医保参保对象为城镇在岗职工及达到法定退休年龄的城镇职工。2、缴费基数和比例不同：灵活就业人员可以选择不同的缴费基数和比例，而职工医保的缴费基数和比例是根据规定确定的。