区别为：性质不同、建设范围不同、工程类别不同。1、性质不同；建设工程规划许可证是工程类项目，是指在城市规划区内进行的建设或大型建设项目（如：铁路、公路、管道、水利工程等项目）。乡村建设规划许可证是指在乡村规划区内进行的建设或与乡村有关的建设行为。2、建设范围不同；在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市确定的镇申请办理建设工程规划许可证。在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇提出申请，由乡、镇报城市、县城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。3、工程类别；