水质原因引起的锦鲤烂鳍烂尾主要是水质恶化和受到新水刺激造成的。而造成水质恶化的原因有很多，例如锦鲤自身的排泄物过多，已经超过了过滤系统中硝化系统的工作量范围，氨、亚盐的含量就会日益堆积的更多，造成锦鲤氨中毒或是不适应的反应，水质也不给力，锦鲤鱼鳍、鱼尾自然会烂。投喂多自然残食就多，却没有及时的清理，也会使残食中营养元素蛋白等等的营养元素质溶解在水质中，水质变的比较肥沃，不仅会繁殖很多的蛋白质虫，且锦鲤产生不适反应，会出现充血、出血等等的现象，一直没有治疗就会发展成烂鳍烂尾。还有可能没有定期换水、没有定期清洗滤材，导致滤材的功效大大较小，硝化细菌没有培养好，这些原因会让水体老化、恶化从而不适合锦鲤的生长，且细菌繁殖更加旺盛，就会造成锦鲤烂鳍烂尾。