乘地铁从北京自然博物馆到通州区总需要大约50分钟到1个小时的时间，具体时间取决于具体路线和交通情况。首先，您需要从自然博物馆乘坐地铁4号线，经过13站后，在西苑站换乘地铁7号线，继续往东前行9站，最终到达通州北苑站。整个过程需要换乘一次，共经过22个站。如果您的出行时间是高峰期，如早上和下班时间，可能会有更多的人流和交通拥堵，建议提前安排出行时间，以免影响您的行程。