县域内医疗机构医保基金支出是指县域内医疗机构所使用的医保基金的支出情况，包括医保经费的支出、医疗服务费的支出等。医疗保险基金是指国家为保障职工的基本医疗，由医疗保险经办机构按国家有关规定，向单位和个人筹集用于职工基本医疗保险的专项基金。