核仁是细胞核中颜色较深的部分，是一个区域的概念，而染色质是一个物质，是丝状的遗传物质，染色体的展开状态。核仁是核仁组织者构成的，是转录mRNA的地方，核仁组织者也是DNA和蛋白质构成的。