不严重。港澳通行证丢了不严重，可以先到出入境事务厅办理《遗失证件及报到通知书》，在《遗失证件及报到通知书》的有效期内，提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片。因此，港澳通行证丢了后果不严重。