由海事管理机构责令改正，处以3000元以上3万元以下的罚款。根据《中华人民共和国船舶和海上设施检验条例》规定，船舶未按照规定保存或者保管船舶法定文书的，由海事管理机构责令改正，处以3000元以上3万元以下的罚款。