公司与自然人合作协议主要内容包括：1、合伙企业的名称和主要经营场所的地点；2、合伙目的和合伙经营范围；3、合伙人的姓名或者名称、住所；4、合伙人的出资方式、数额和缴付期限；5、利润分配、亏损分担方式；6、合伙事务的执行；7、入伙与退伙；8、争议解决办法；9、合伙企业的解散与清算；10、违约责任。