在外观上，巡航导弹有弾翼，弹道导弹没弾翼；动力系统上，巡航导弹用喷气式发动机，弹道导弹用火箭发动机；飞行方式上，巡航导弹在稠密大气层内飞行，弹道导弹在大气层外沿着椭圆轨道飞行；飞行速度巡航导弹可以是亚音速的，而弹道导弹通常都是高超音速。