1、在层次上：虽然一级主任科员和二级主任科员都是正科，但一级主任科员要比二级主任科员级别高一些。2、在重要性上：二级主任科员晋升四级调研员必须要有一级主任科员的任职经历，因此一级主任科员要比二级主任科员重要性高。3、在工资上：一级主任科员和二级主任科员的工资待遇肯定是有区别的，具体以实际情况为准。