1、层次区别。虽然一级主任科员和二级主任科员都是正科，但因为主任科员是套二级主任科员，任职满两年后才能晋升一级主任科员，因此在层次上一级主任科员要高于二级主任科员。2、重要性上区别，一级主任科员，相当于一级主任科员是晋升四调的一个关卡，因此在重要性上远远高于二级主任科员。3、在工资上有区别。