锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的军情。其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。