边境柯利牧羊犬主要有难打理、精力旺盛以及爱耍小聪明等缺点。很多人都喜欢它华丽的长毛，但打理起来并不容易；它对球和飞盘上瘾，因此需要足够大的居住空间；它智商排名犬类第一，一不留神就容易被它骗到。