契税超过三年后就不能退了。根据《《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额的税款，税务机关发现后应当立即退还。纳税人自结缴税款之日起三年内发现的，可以要求税务机关退还多缴的税款。