很久以前，东南沿海的武夷山是和的阿里山连在一起的。那时漫山遍野的果树上挂满了果子，山下是肥沃的土地。那里的人们过着幸福的生活。
可是有一年，山里来了一个妖怪，占据了整个大山。从此，山上的树木死了，小溪没水了，肥沃的土地也干裂了。人们只好拖儿带女，离开了世代生活的故乡。
在大山的西边住着母女二人。母亲勤劳善良，女儿花珊十九岁，美丽、聪明又勇敢。花珊看到人们被妖怪害得生活不下去，心里很难过。她决心除掉妖怪。于是，她开始苦练本领。经过九九八十一天，终于练就了高超的射箭本领和一手好刀法。
一天，花珊告别妈妈，要上山去除妖了。妈妈拉着她的手，说：“女儿啊，妈不拦你，可是千万要小心啊！你除掉了妖怪，就赶快回家。”花珊姑娘也含着泪说：“妈妈放心，我除了妖怪，马上就回来，永远和妈妈生活在一起。”说着便离开了家。
这天晚上，乌云遮住了月亮，姑娘紧握弓箭，向山上走去。突然，她发现不远的山顶上，有两道绿光渐渐向她靠来。姑娘断定这就是妖怪，于是搭上箭，用力朝绿光射去。妖怪被射中了眼睛，痛得直打滚。花珊跳到妖怪身上，举起大刀，朝它的脖子使劲砍去，直砍得妖怪乱蹦乱跳。忽然，她觉得大地在向下陷，只听一声巨响，高大的武夷山断为两半，中间出现了一条很深的沟，妖怪“轰”的一声，掉到了沟底。花珊一下子跳到了山的东边。这时，奔腾的海水涌进了大沟，形成了海峡。那断裂的大山，西边就是现在的武夷山，东边就是现在的阿里山。
山上的树木、瀑布、良田又苏醒了，人们重新过上了幸福的生活。可是海水却把花珊和妈妈隔开了。
妈妈爬上高高的武夷山顶，盼望女儿能早一天回到自己的身边。然而，一天天过去了，女儿没有回来。妈妈渐渐变成了一块巨大的岩石，高高地立在武夷山上。
女儿被隔到海的东面，也时时想念母亲。她站在阿里山的山顶上，望啊望啊，可是怎么也望不到妈妈。天长日久，她变成了一棵红桧树。红桧树每天、每月、每年都在不停地生长着。这棵红桧树就被人们叫做阿里山的思母树。据说，日月潭水就是女儿想念母亲流下的眼泪！