两者之间的区别在于定义不同、账户性质不同。
①定义不同：公允价值，在财务中指开放，活跃市场的商品，货物公平交易的价值，买卖双方都接受的价值。有时候不一定是货物真实的内在价值，与市场需求相关。如股票，期货市场交易表现明显。公允价值变动损益是指企业以各种资产，如投资性房地产、债务重组、非货币交换、交易性金融资产等公允价值变动形成的应计入当期损益的利得或损失。
②账户性质不同：公允价值变动在交易性金融资产。在财务会计处理中：“公允价值变动”科目与“公允价值变动损益”科目相对应的。投资性房地产等中常用。该账户是属于损益类科目。其借方核算因公允价值变动而形成的损失金额和贷方发生额的转出额；贷方核算因公允价值变动而形成的收益金额和借方发生额的转出额。
公允价值变动损益属于收入吗？
公允价值变动损益不属于收入，按规定公允价值变动造成的损失计入费用，公允价值变动得到的收入计入资本公积 。