1、时间期限不同：当年余额是当年一年所剩的余额，历年余额是多年的累计余额。也就是说当年余额为当年费用的结余，历年余额为历年累计的结余。
2、使用范围不同：当年账户的资金可以用来支付门诊、急诊和指定零售药店的费用。历年账户中的资金可用于支付门诊和急诊(包括院前急诊)的医疗费用，以及支付额外资金后的剩余医疗费用。在指定药房购买药品、低于住院标准线和高于规定医疗费用自付的医疗费用；大病门诊医疗费用和个人自费家庭床位费用。
历年账户金额适用范围更广，需要个人承担且无法通过医疗保险报销的部分都可以使用，但当年账户金额的使用范围要窄得多。
3、金额不同：历年账户的余额高于当年账户余额。
4、定义不同：当年医保余额是指当年报销医疗费后医保卡上的余额。历年医保余额是指上年度医保卡未使用金额的累计。医保卡的总金额等于当年的余额加上历年的余额。历年的结余详情可在社保卡刷卡设备上查看。
什么是医保卡？
医保卡全称社会医疗保险卡，是以个人身份证为识别码的医疗保险个人账户专用卡，存储并记录个人身份证号、姓名、性别、账户资金分配、消费等详细信息。医疗保险卡由当地指定代理银行承办，是银行多功能借计卡的一种。成功参保后，当地医保部门在月底委托银行将部分个人账户资金转入参保员工个人医保卡。